Santiago, el 19 de julio de 1844, el prócer Matías Ramón Mella, Jefe del Departamento de Santiago y frontera del Noroeste, envió un informe a la Junta Central Gubernativa, en la que le comunicó de manera oficial que Juan Pablo Duarte, había sido proclamado Presidente de la República por los pueblos del Cibao.
En el momento que dirigió el documento a la Junta Central Gubernativa, Mella, ignoraba que en la Capital el general Pedro Santana había dado un golpe el día 16 de julio que desalojó del primer organismo de Gobierno dominicano a los trinitarios que encabezaba Francisco del Rosario Sánchez.
Los conservadores que presidía Tomás Bobadilla, retomaron el control de la Junta Central Gubernativa, que era dirigida por los trinitarios desde el día 9 de junio de 1844.
La nueva Junta rechazó el documento de Mella, y el día 24 de julio de 1844, dio a conocer un manifiesto en el que advirtió que «no reconoce ni reconocerá el nombramiento de Presidente en el General Duarte ni en ninguna otra persona, a menos que no sea hecho por el Congreso Constituyente».
El día 16 de julio de 1844, a las 3 de la tarde, el general Pedro Santana, consumó el golpe contra los miembros de la Junta Central Gubernativa, que presidía el prócer Francisco del Rosario Sánchez.
Al tomar la decisión, asumió la Presidencia del organismo de Gobierno y reintegró a los miembros que desalojaron los trinitarios el día 9 de junio de 1844, cuando dieron un golpe y nombraron Presidente a Francisco del Rosario Sánchez.
La toma de la Junta Central Gubernativa se produjo en un ambiente de tensión, ya que se mantenía la resistencia de los trinitarios y Pedro Santana tenía la ciudad militarizada.
El general Santana, jefe del Ejército del Sur, entró con sus tropas a la ciudad de Santo Domingo, el 12 de julio de 1844.
Con su llegada a la ciudad inició un plan para derrocar a la Junta Central Gubernativa que presidía el prócer Francisco del Rosario Sánchez.
Pedro Santana logró su objetivo con el apoyo del cónsul de Francia, Saint Denys.
Francisco del Rosario Sánchez también se encontró con la dificultad de que el Comandante de Armas de la Plaza de Santo Domingo, general José Joaquín Puello, se negó a enfrentar a Santana que había salido con su ejército desde Azua para tomar a la Capital.
Santana acusó a la Junta Central Gubernativa de haberle negado el apoyo que necesitaba el ejército cuando estaba en campaña en Azua.
El propósito de Santana era instalarse como Dictador, pero el cónsul Saint Denys, lo convenció de que lo más conveniente era que sacara a los miembros de la Junta Central Gubernativa que encabezaba Sánchez y se reintegrara a los que integraban el organismo cuando lo presidía Tomás Bobadilla y Briones.
Saint Denys calificó de ilegales a los miembros de la Junta que fueron escogidos con Sánchez.
El golpe que llevó a los trinitarios a controlar la Junta fue ejecutado el día 9 de junio. Los trinitarios estimaban que Tomás Bobadilla y los miembros de la Junta Central Gubernativa, José María Caminero, Francisco Javier Abréu y Francisco Ruíz, eran culpables de conspirar contra la soberanía nacional al mantener negociaciones encaminadas a obtener la protección de los franceses.
Al consumarse el golpe de Estado contra la Junta Central Gubernativa, el prócer Francisco del Rosario Sánchez fue escogido Presidente en lugar de Tomás Bobadilla.
Como demás miembros de la Junta Central Gubernativa, fueron designados los trinitarios Pedro Alejandro Pina, Manuel María Valverde y Juan Isidro Pérez
